La historia comienza en Oxford, ciudad en la cual los niños están desapareciendo secuestrados por un grupo llamado Zampones, o eso cree Lyra, la heroína, pues se rumorea que ha sucedido en otras ciudades. Las sospechas de Lyra se confirman al ser secuestrado su amigo Roger, ella no duda, con tan solo once años, ir en su búsqueda para traerlo de vuelta.En su aventura conocerá nuevos amigos: los Giptanos, brujas, osos acorazados,... pero también a enemigos: será perseguida por cazadores o incluso espías, que, armada de su inseparable aletiómetro (Instrumento que le permite saber lo que nadie sabe) les llevarán a descubrir la verdadera realidad de su mundo, un mundo que es mucho más complejo de lo que ella hubiera podido imaginar y deberá cumplir con su destino.